財政部臺北國稅局表示，營利事業負責人（即扣繳義務人）利用網路辦理扣繳憑單申報，嗣發現部分扣繳憑單漏未彙報而更正上傳資料，除須留意應於原規定期限前更正上傳資料外，亦應留意更正上傳資料應包含前次申報成功之完整資料，以免受罰。
該局指出，扣繳義務人辦理扣繳憑單更正申報時，應特別注意申報系統之提示警語：「此申報單位已有申報成功之紀錄，此次為更正申報！若選擇繼續上傳申報本次申報資料將覆蓋前次申報資料！【請注意！】本次上傳應包含前次申報成功之完整資料。同一申報單位只會有一個網路申報資料！各類所得及股利所得應合併為一個申報檔上傳或分別採用不同申報方式。」並詳加核對。如未詳加核對，致發生覆蓋而未包含前次申報成功之完整資料，被覆蓋之資料即屬未依規定期限申報扣繳憑單，依所得稅法第114條第2款規定，除限期責令扣繳義務人補報或填發扣繳憑單外，應按扣繳稅額處20%之罰鍰。但最高不得超過2萬元，最低不得少於1千5百元。
該局舉例說明，A公司110年度給付利息所得，經查獲其扣繳義務人甲君僅依規定扣繳稅款，卻未依規定期限申報扣繳憑單，乃責令限期補報，並依所得稅法第114條第2款規定處罰鍰20,000元。甲君不服申請復查，主張公司申報人員不知前次網路申報資料會遭後次網路申報資料覆蓋，請酌予考量降低罰鍰云云。經該局以扣繳義務人本應對系統之作業方式盡相當之注意，並對申報之正確性加以檢視及核對，其於更正申報時疏於注意申報系統之警示訊息畫面，致生漏報扣繳憑單情事，該局就扣繳義務人已依限期補報之情節按扣繳稅額處20%之罰鍰，但最高不得超過2萬元處罰，並無不合，駁回其復查。
該局提醒，扣繳義務人利用網路申報方式辦理扣繳憑單申報，應於規定申報期限前更正申報，並注意該次上傳資料應包含前次申報成功之完整資料，以免受罰。
來源：財政部新聞稿