財政部臺北國稅局表示，教育、文化、公益、慈善機關或團體（以下稱機關團體）承辦政府委辦業務，係屬銷售貨物或提供勞務予他人以取得代價之銷售貨物或勞務行為，其取得之收入應計入當年度銷售貨物或勞務收入。
該局進一步說明，依「教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準」（以下稱免稅適用標準）第2條第1項及第3條第1項規定，機關團體如有銷售貨物或勞務之所得，應依法課徵所得稅，但如銷售貨物或勞務以外之收入不足支應與其創設目的有關活動之支出時，可將此不足支應的部分自銷售貨物或勞務之所得中扣除。復依財政部85年3月27日台財稅第851900292號函規定，機關團體承辦政府委辦業務，係屬銷售貨物或提供勞務予他人以取得代價之銷售貨物或勞務行為，其所取得之收入應計入當年度收入總額，依免稅適用標準第2條及第2條之1（現行第3條）規定徵免所得稅。
該局舉例說明，甲學會111年度所得稅結算申報案件，誤將政府委託其舉辦考試所收取之證書費及報名費收入計新臺幣（下同）420萬元及相關支出300萬元，列報於銷售貨物或勞務以外之收支項下，核與前揭規定不符，案經該局轉正為銷售貨物或勞務之所得120萬元（420萬元-300萬元），扣除銷售貨物或勞務以外之收入不足支應與其創設目的有關活動之支出55萬元後，核定補徵稅額13萬元【(120萬元-55萬元)×20%】。
該局呼籲，機關團體如有承辦政府委辦業務所取得之收入，應依免稅適用標準等相關法令規定正確計算銷售貨物或勞務之所得，以免因申報錯誤發生調整補稅之情形。
來源：財政部新聞稿